东莞商标注册和东莞专利申请是两个不同的知识产权保护领域，它们保护的内容和流程都有所不同。商标主要保护的是品牌标识，如文字、图形、字母、数字、三维标志、颜色组合、声音、气味、位置、移动、外观设计等，用以区分一个企业的商品或服务与他人的商品或服务。专利则保护的是发明创造，包括产品、方法或改进，以防止他人未经许可使用、销售或制造该发明。

商标注册和专利申请可以同时进行，也可以在不同的时间进行。例如，你可以先申请专利保护你的发明，然后申请商标保护与该发明相关的品牌名称或标识。也可以先注册商标，然后申请专利。这样做的好处是可以同时保护你的发明和品牌，防止他人侵犯你的知识产权。

需要注意的是，商标和专利的保护范围和期限不同。商标的保护期限通常为10年，可以续展多次，而专利的保护期限通常为20年。因此，在决定是否同时进行商标注册和专利申请时，需要考虑你的产品或发明的生命周期和市场需求。