选择代理机构公司进行东莞商标注册时，可以考虑以下几个因素：

1. **专业性和经验**：选择具有丰富经验和专业知识的代理机构公司，他们熟悉商标注册的流程和规定，能够提供专业的咨询和指导。

2. **声誉和信誉**：选择有良好声誉和信誉的代理机构公司，可以通过查阅客户评价、参考案例等方式了解其服务质量和口碑。

3. **价格和费用**：了解代理机构公司的收费标准和费用结构，确保价格合理且透明，避免出现额外费用或不合理收费。

4. **服务范围和能力**：根据自身需求，选择能够提供全面服务的代理机构公司，包括商标搜索、申请、撰写文件、跟踪审查进程等环节。

5. **沟通和配合**：与代理机构公司进行沟通，了解其沟通和配合能力，确保能够有效地沟通和协作，提高商标注册的成功率。